Tradycje kształcenia w zakresie historii na obecnym Uniwersytecie Pedagogicznym w Krakowie sięgają 1949 r. Wówczas w ówczesnej Wyższej Szkole Pedagogicznej w Krakowie utworzono kierunek historia w ramach istniejącej od 1946 r. sekcji polonistyczno-historycznej. Studia trwały trzy lata i opierały się na wykładach. Zajęcia początkowo prowadzili przede wszystkim pracownicy Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od roku akademickiego 1949/50 istniał już (w ramach Wydziału Humanistycznego) samodzielny kierunek historia, który kształcił przyszłą kadrę szkół podstawowych, średnich ogólnokształcących i zawodowych. Od 1951 r. funkcjonuje Koło Naukowe Historyków. W 1953 r. na Wydziale Filologiczno-Historycznym utworzono Katedrę Historii Polski i Katedrę Historii Powszechnej. Rok później WSP w Krakowie otrzymała prawo nadawania tytułu magistra, co oznacza, że w 1956 r. jej mury opuścili pierwsi magistrzy historii. Ponieważ głównym celem uczelni było kształcenie przyszłych nauczycieli, w 1956 r. utworzono Zakład Metodyki Historii (od 1960 r. Katedra Metodyki Nauczania Historii) przy Katedrze Historii Polski.

Wraz z powstaniem katedr i zakładów rozwijała się działalność naukowa. Do głównych kierunków badawczych należały: problemy wczesnego humanizmu w Polsce, pedagogika okresu odrodzenia, dzieje Polski w XVII i XVIII w., Wielka Emigracja, ruchy społeczne na ziemiach polskich, historia prasy, dzieje nauczania historii. Lata pięćdziesiąte XX w. to dynamiczny rozwój kierunku historia, wzrost liczby pracowników naukowych, rosnąca liczba studentów. Ważną datą był akademicki 1959/60, kiedy Wydziałowi Filologiczno-Historycznemu przyznano prawo nadawania stopnia doktora nauk humanistycznych. W ramach reorganizacji uczelni w 1971 r. powołano Instytut Historii złożony początkowo z trzech Zakładów: Dydaktyki Historii i Wychowania Obywatelskiego, Historii Starożytnej i Średniowiecznej oraz Historii Nowożytnej i Najnowszej. Rok później utworzono Zakład Historii Oświaty i Wychowania. Od końca lat sześćdziesiątych nastąpiła intensyfikacja badań naukowych głównie w zakresie dziejów średniowiecza, wczesnej nowożytności i XIX w. oraz dydaktyki historii. Znaczny był także dorobek pracowników Instytutu Historii w badaniach nad historią lokalną i regionalną. W 1988 r. zmianom uległa struktura wewnętrzna Instytutu Historii – powstały następujące Zakłady: Historii Starożytnej i Kultury Antycznej, Historii Średniowiecznej, Historii XIX wieku, Historii Najnowszej, Dydaktyki Historii. Dwa lata później powołano Pracownię Polskiego Słownika Biograficznego przekształconą w 1995 r. w Pracownię Biografistyki. 1 listopada 2015 r. zmodyfikowano nazwę Instytutu, przemianowując go z Instytutu Historii na Instytut Historii i Archiwistyki.

Obecnie Instytut Historii składa się z siedmiu Katedr: Historii Starożytnej, Historii Średniowiecznej, Historii Nowożytnej, Historii XIX wieku, Historii Najnowszej, Edukacji Historycznej oraz Archiwistyki i Nauk Pomocniczych Historii. W strukturze Katedry Historii Najnowszej istnieje Zakład Mniejszości Narodowych i Przymusowych Migracji, który tworzą dwie pracownie: Historii Przymusowych Migracji oraz Mniejszości Etnicznych i Narodowych. Z kolei w ramach Katedry Historii Nowożytnej działa Zakład Historii Kultury. Instytut Historii i Archiwistyki posiada własną bibliotekę oraz sprawuje patronat merytoryczny nad Centrum Dokumentacji Zsyłek, Wypędzeń i Przesiedleń.

Jednym z ważniejszych kierunków badawczych podejmowanych przez pracowników są dzieje regionalne i lokalne. Prężnie rozwija się współpraca zagraniczna z uniwersytetami rozmaitymi instytucjami naukowymi angielskimi, austriackimi, czeskimi, litewskimi, niemieckimi, rosyjskimi, słowackimi i ukraińskimi. Pracownicy uczestniczą w licznych grantach krajowych i zagranicznych.

Instytut Historii kształci studentów na studiach pierwszego i drugiego stopnia, zarówno stacjonarnych i niestacjonarnych na kierunkach: Historia ze specjalnościami: nauczycielską i antropologia, Archiwistyka, zarządzanie dokumentacją i infobrokerstwo. Osobnymi kierunkami są: Niemcoznawstwo (studia stacjonarne II stopnia) oraz Turystyka historyczna i dziedzictwo kulturowe (studia stacjonarne i niestacjonarne I stopnia). W ofercie dydaktycznej Instytutu Historii i Archiwistyki znajdują się także studia podyplomowe: Cracoviana – miasto i region w turystyce, Totalitaryzm – nazizm – Holokaust, Turystyka historyczna, Zarządzanie dokumentacją, infobrokerstwo i archiwistyka.

Kierunek historia początkowo zajmował budynki przy ul. Straszewskiego 22, a przejściowo także przy Rynku Głównym 34 i ul. Bohaterów Stalingradu 46/48. Pod koniec lat sześćdziesiątych kierunek historia przeniesiono do nowo powstałego budynku przy ul. Podchorążych, najpierw do skrzydła południowego, a następnie do pomieszczeń na III piętrze skrzydła wschodniego, gdzie znajduje się do chwili obecnej.